Prof. Dr. Alparslan Baksu 1988-1992 yılları arasında Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde Kadın Hastalıkları ve Doğum alanında ihtisas eğitimini tamamladı. 1993-2012 yılları arasında aynı hastanede Başasistan olarak görev çalıştı. 1998-2002 yılları arasında Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Kadın Hastalıkları ve Doğum Klinikleri Merkezi Doğumhane Koordinatörlüğü ve 2004-2008 yılları arasında Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Kadın Hastalıkları ve Doğum Klinikleri Merkezi Ameliyathane Koordinatörlüğü görevlerinde bulundu. 2007 yılında Toronto Üniversitesi, Princess Margaret Hastanesi, Jinekolojik Onkoloji Bölümünde gözlemci olarak bulundu.
İhtisas eğitimimi1994-1998 yılları arasında Süleymaniye Kadın Hastalıkları ve Doğum Eğitim ve Araştırma Hastanesinde tamamlandı. 1998 yılında Süleymaniye Kadın Hastalıkları ve Doğum Eğitim ve Araştırma Hastanesine uzman doktor olarak atandım.